Ačkoli vědci v oblasti divoké zvěře plodně využívali zařízení GPS ke sledování zvířat, tato technologie má určité nevýhody. Vysoké náklady na vybavení zatěžují rozpočty na výzkum. Technická omezení znemožňují studium menších druhů a omezují čas, který mohou vědci strávit sledováním zvířat.
Načítání dat
Mnoho GPS obojků používá Globální systém pro mobilní komunikaci, používaný také mobilními telefony, jako způsob načítání dat ze zařízení. Tento protokol umožňuje výzkumnému pracovníkovi shromažďovat informace o pohybech zvířete, aniž by je bylo nutné znovu zachytit. Aby mohlo GSM fungovat, musí vědecká pracovnice provádět výzkum v oblasti, která využívá služby mobilních telefonů. Obojky jiné než GSM používají k přenosu dat vysokofrekvenční rádiové signály. Ačkoli tyto nevyžadují místní buněčné věže, vědec musí znát polohu zvířete v rozmezí několika set yardů, aby mohl sbírat data z obojku.
Životnost baterie
Jelikož jsou GPS obojky zcela mobilními zařízeními, spoléhají se na fungování baterie. Baterie napájí samotnou jednotku GPS spolu se souvisejícími elektronickými součástmi, které ukládají data. Za ideálních podmínek vydrží baterie v typickém obojku GPS asi rok; pro delší studie musí vědci zachytit označená zvířata a vyměnit baterii. Pokud je terén nepříznivý pro signály GPS, určení polohy trvá jednotce déle, což vede ke zkrácení životnosti baterie. Baterie s delší výdrží by nutně vážily více, což by přidávalo náklady a hmotnost jednotky.
Náklady
V době zveřejnění stojí balíček GPS pro sledování zvířete přibližně 10 000 $. To zahrnuje obojek, přijímač, software pro sběr dat a příslušenství, jako je náhradní baterie a vypouštěcí mechanismus, který obojek ze zvířete automaticky uvolní. Cílem vědeckého výzkumu je získat co nejvíce informací; čím více dat podporuje teorii, tím více se podporuje výzkum. Podle geologického průzkumu Spojených států mají vysoké náklady na vybavení tendenci omezovat počet sledovaných zvířat, takže vědec má méně údajů.
Hmotnost
Kompletní GPS sledovací obojek váží asi půl kila. Vědci nechtějí, aby zařízení bránilo pohybu zvířete nebo ovlivňovalo jeho chování, protože tato zatížení způsobují stres a zasahují do výzkumu. Ačkoli pokrok v technologii snížil velikost a hmotnost mnoha elektronických součástek, některé položky, jako jsou baterie a antény, zůstávají relativně objemné. Obojky GPS se nejlépe hodí pro zvířata větší než středně velký pes.