Amazon Kindle je kompatibilní s několika typy elektronických knih (elektronických knih) a podle okolností využívá různé typy souborů. E-knihy zakoupené prostřednictvím Amazonu využívají proprietární formát společnosti, který zahrnuje systém ochrany digitálních práv nebo DRM. Kindle však nemusí vždy používat materiál chráněný autorskými právy a přijímá další formáty ve stavu bez DRM.
AZW
Společnost Amazon spustila svůj vlastní formát elektronických knih, který používá předponu „.AZW“, současně s vydáním původního zařízení Kindle. Formát používá vlastní formu ochrany DRM, aby se zabránilo krádeži autorských práv. Umožňuje všechny formy formátování textu a zahrnuje ustanovení o ilustracích a obrázcích obálek v elektronických knihách. Úspěch zařízení Kindle vedl formát AZW k dramatickému nárůstu popularity. Nyní je podporován řadou různých elektronických čtecích programů a hardwaru kromě Kindle.
MOBI a ČLR
Formát elektronické knihy Mobipocket je označen předponou „.MOBI“, která je zaměnitelná s typem souboru „.PRC“ původně popularizovaným řadou zařízení PDA Palm Pilot. Vlastní proprietární formát Kindle je založen na standardu Mobipocket, ale liší se metodou ochrany autorských práv. E-knihy MOBI umožňují formátování textu, titulní obrázek a elektronické záložky. Jeden z nejdelších formátů elektronických knih, MOBI, je jedním z nejpopulárnějších a široce podporovaných typů elektronických knih. Kindle není schopen používat soubory MOBI chráněné DRM, ačkoli Amazon nyní vlastní společnost Mobipocket.
Kindle původně nepodporoval oblíbený typ souboru Adobe PDF. Kompatibilita byla od té doby přidána prostřednictvím aktualizace softwaru, i když je tato kompatibilita omezena na jednoduché verze typu dokumentu s otevřeným standardem. Soubory PDF často obsahují složitou grafiku, stránkování a internetové funkce, které Kindle nedokáže vyřešit, ačkoli většinu textových dokumentů lze zobrazit s rozumnou přesností. I nejnovější model Kindle stále nese upozornění, že podpora PDF je experimentální a dokumenty se nemusí zobrazovat správně.
TXT
Prosté textové soubory - označené typem souboru „.TXT“ - jsou plně podporovány Kindle a mají tu výhodu, že vytvářejí velmi malé velikosti souborů a téměř univerzální podporu pro počítače a přenosná zařízení. Nevýhodou zobrazování elektronických knih pomocí formátu TXT je nedostatek možností formátování textu a žádná podpora v dokumentu pro anotace, ilustrace nebo interaktivní prvky. Kindle je schopen přidat své vlastní záložky do souborů TXT, ale zajišťuje, že soubory jsou stále použitelnou a praktickou volbou pro e-knihy.