Kromě mikroskopů a Petriho misek jsou důležitým nástrojem mikrobiologů i počítače. Software pro mikrobiologický výzkum zahrnuje nástroje používané v jiných vědeckých a technických oborech i speciální aplikace pro studium bakterií a jiných mikroorganismů. Mnoho aplikací vyvinutých vládními agenturami, neziskovými nadacemi nebo akademickými vědci je k dispozici jako bezplatný software ke stažení a použití, jak vyžaduje váš experiment nebo laboratoř.
Vizualizační nástroje
Fyzický nebo mentální obraz nezpracovaných údajů, které shromažďujete, vám může pomoci lépe pochopit jejich kvalitu, význam a důsledky. Software pro vizualizaci otevřených zdrojů a komerčních dat je široce dostupný pro mikrobiologický výzkum. Vytvářejte grafy a grafy svých dat pomocí LibreOffice Calc, Microsoft Excel nebo systému vizualizace dat Mondrian. Aplikace Cell-O a RasMol vám pomohou vytvářet 2D a 3D animované modely biologicky významných molekul, jako jsou proteiny a aminokyseliny.
Matematické modelování
Velké sbírky mikrobiologických dat často přinášejí smysluplnější informace, jakmile jsou numericky analyzovány. Softwarové balíčky MATLAB, Octave a SciPy, které provádějí matematické zdokonalování, analýzu a modelování dat vědců. Pomocí těchto balíčků proveďte odhad parametrů pomocí přizpůsobení křivky, epidemiologických předpovědí, simulací růstu bakterií a šumu dat nebo eliminaci stochastických efektů. Tyto aplikace také provádějí statistické výpočty, jako je analýza rozptylu nebo testy chí-kvadrát.
Genomová bioinformatika
Mikrobiologické softwarové aplikace vám také pomohou vizualizovat a těžit informace ze sekvence nukleových kyselin, které tvoří DNA mikroorganismu. Open Bioinformatics Foundation poskytuje bezplatné aplikace pro sekvenování a analýzu DNA open-source, jako jsou BioJava a Biopython, které extrahují data z informačních bank genomu, analyzují kód DNA organismu a porovnávají jej s jinými vzorky DNA. Mezi další balíčky pro analýzu genomu patří Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package nebo PHYLIP a Sequence Manipulation Suite nebo SMS.
Referenční software
Rychlé tempo vědeckých objevů v mikrobiologii a měnící se vládní předpisy vyžadují, aby mikrobiologové měli snadný přístup k informacím, které mají dopad na jejich práci. HUGO je komerční softwarový balíček, který poskytuje mikrobiologům aktuální informace o nástrojích, chemikáliích, vybavení, kultivačních médiích, bezpečnostních požadavcích, nových organismech, taxonomických změnách a antibiotikách. Mikrobiologové pracující ve vědě o potravinách mohou navíc pomocí webové aplikace ComBase Browser získat přístup k mikrobiologickým údajům týkajícím se potravin poskytovaným vládními agenturami ve Velké Británii, Austrálii a Spojených státech.
