K dispozici je mnoho různých typů čteček elektronických knih a každé zařízení má své klady a zápory. Soubory elektronických knih také přicházejí v mnoha různých formátech a žádný čtenář je nedokáže zpracovat všechny. Kindle podporuje velké množství existujících formátů, ať už nativně nebo s převodem. Několik formátů souborů vyžaduje pro kompatibilitu s Kindle použití speciálního softwaru.
AZW: Primární formát
Formát „AZW“ se používá pro e-knihy, které si koupíte v obchodě Amazon Kindle. Je to upřednostňovaný formát pro zajištění maximální čitelnosti na zařízení. Formát je proprietární a je vlastně variantou formátu MOBI, původně vytvořeného francouzskou společností Mobipocket. Amazon koupil Mobipocket a upravil formát pro použití na Kindle.
Jiné nativní formáty
Kindle dokáže nativně zobrazit některé další formáty e-knih, což znamená, že tyto soubory lze načíst přímo do zařízení a číst stejným způsobem jako soubor AZW. Soubory MOBI a soubory PRC (formát používaný v Palm) lze číst, pokud neobsahují ochranu DRM (Digital Rights Management). DRM obvykle omezuje knihu na jedno čtecí zařízení. Kromě toho může Kindle zpracovávat soubory prostého textu (TXT) a formát Adobe PDF, i když ne všechny soubory PDF se na Kindle zobrazují dobře.
K dispozici prostřednictvím převodu
Konverze obvykle zahrnuje odeslání souboru na vaši e-mailovou adresu Kindle. Amazon říká, že dokáže převádět HTML, DOC (soubor Microsoft Word) a grafické formáty souborů JPEG, GIF, PNG a BMP. Někteří lidé nyní používají Kindle ke čtení naskenovaných manga komiksů; program s názvem Mangle umožňuje převést mangu při skenování do jednoho z formátů grafických souborů podporovaných Kindle.
Formáty zvuku
Kindle může přehrávat zvukové soubory. Hudební soubory uložené ve formátu MP3 jsou kompatibilní, stejně jako zvukové knihy z webu Audible.com, který také vlastní společnost Amazon. Tyto soubory jsou ve formátech Audible (AA) a Audible Enhanced (AAX).
Nepodporované formáty
Nejčastěji používaným formátem, který Kindle nepodporuje, je otevřený zdrojový formát EPUB, používaný mnoha dalšími elektronickými čtečkami, jako je Nook od Barnes a Noble. Amazon může případně přidat kompatibilitu EPUB do Kindle; mezitím lze k převodu elektronických knih z formátu EPUB do formátu AZW použít bezplatné programy, jako je Caliber. Tímto způsobem lze převést i jiné formáty, jako je LIT (MS Reader) a LRF (formát Sony). Úspěch těchto konverzí může být zasažen, ale jsou to možnosti dostupné uživatelům Kindle.